Development of Qualitative Real-time PCR Assays for Detecting Genetically Modified Squash Events ZW20 and CZW3
Notice bibliographique
Résumé
In March 2023, unapproved genetically modified (GM) squashes were discovered in South Korea. These were thought to be GM squash ZW20 and CZW3, which are approved for use as food only in Canada and the United States. Because the safety of ZW20 and CZW3 has not been evaluated in Japan, they must continue to be monitored to prevent their unintentional import. In this study, we developed and validated real-time PCR-based qualitative detection methods for ZW20 and CZW3. We evaluated these two detection methods on the basis of PCR amplification efficiency, limit of detection, specificity, and reproducibility to determine their utility for distinguishing and identifying ZW20 and CZW3. One method detects the zucchini yellow mosaic virus resistance gene (ZYMV-coat protein: ZYMV-cp) sequence present in both ZW20 and CZW3, whereas the other method detects the cucumber mosaic virus resistance gene (CMV-coat protein: CMV-cp) sequence present only in CZW3. Our results showed that the ZYMV-cp and CMV-cp detection methods are highly specific for GM squash ZW20 and CZW3, and are sufficiently sensitive, capable of detecting transgenes with at least 6.3 and 3.1 copies per reaction, respectively. Based on this study, we developed the official detection method for GM squash in Japan by combining the ZYMV-cp and CMV-cp detection methods to discriminate between ZW20 and CZW3, making it useful for monitoring food safety.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,005 | 0,004 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».