The Emory‐Sage‐SGC‐JAX TREAT‐AD Center: Developing Resources for Alzheimer’s Disease Novel Targets
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Alzheimer's Disease (AD) is a debilitating neurodegenerative disorder affecting an estimated 55 million people world-wide. With no clear understanding of disease mechanism, hypothesis-based AD drug discovery has proven to be a high-risk endeavor. The TREAT-AD Consortium was initiated to improve, diversify, and reinvigorate the AD drug development pipeline by accelerating the characterization and experimental validation of next generation therapeutic targets. To this end, the Emory-Sage-SGC-JAX TREAT-AD Center adopted the concept of a target enabling package (TEP) to bridge the gap between target discovery and new therapeutics and to stimulate drug discovery by catalyzing investigation across the field for potential therapeutic pathways. Our aim is to allow for rapid exploration of emerging therapeutic hypotheses and novel AD therapeutic targets, including those emanating from the NIA-funded target discovery programs in AD, and initiate early-stage drug discovery campaigns against the enabled targets. METHOD: Given the demonstrated heterogeneity of AD in biological and genetic components, it is critical to identify new therapeutic approaches. Our Center developed an iterative target prioritization pipeline to score candidate proteins and organize groups of co-functional proteins into standardized therapeutic hypotheses for validation. Nominated targets were evaluated by calculating an unbiased target AD risk score that is then mapped to 19 biological domains that describe and codify the different processes that are dysregulated in AD. Targets that meet criteria for development are evaluated to identify a set of experimental reagents necessary for hypothesis testing. RESULT: Our center has developed TEPs for more than 50 understudied targets. For each prioritized target, a TEP may include bioinformatic analysis, expression constructs, purified protein and methods, validated knockout cell lines, antibody validation, assay development, crystal structures, screening, and probe development. All reagents are developed to meet established quality criteria. Advanced targets include DHX58, SYK, DDX1, SDC4, CAPN1, ARHGEF2, and members of 'Module 42' including SMOC1. CONCLUSION: All data, protocols, reagent sets, and chemical tools are made widely available on the AD Knowledge Portal with no intellectual property claims. Target Risk Scores and biodomains are accessible through Agora. For more information and the full target portfolio see www.treatad.org.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,006 | 0,006 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,004 | 0,003 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,005 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,025 | 0,020 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».