Friend and Foe: Genome-Wide Analysis of the Tardigrade Dsup Protein Expressed in Yeast Reveals Trade-offs of DNA Protection
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Tardigrades are among the most resilient eukaryotes known, capable of surviving a wide range of extreme conditions. While their genomes contain thousands of tardigrade-specific genes, one key contributor to their stress resistance is the Damage suppressor (Dsup) protein. Previous work showed that expression of Dsup in cancer cells reduced DNA damage caused by X-rays. This observation has sparked growing interest in Dsup across diverse model organisms. Most studies to date have focused on phenotypic outcomes, while the mechanisms and consequences of Dsup remain poorly understood. Deciphering its mechanism is crucial, especially because Dsup expression is deleterious to some cells and organisms. In this work, we show that Dsup protects yeast against a variety of DNA-damaging agents. However, this protection is not universal, and it has a fitness cost. Analysis of nucleosome occupancy of cells expressing Dsup shows that effects on chromatin are modest, without global remodeling, and transcriptome analysis reveals a robust induction of oxidative stress pathways, which might be a form of preconditioning for oxidative stress. Genome-wide screens of ∼4300 loss-of-function mutants expressing Dsup shows that deletions incompatible with Dsup are highly enriched for DNA repair processes and that under DNA damage stress, Dsup can protect some mutants in a pathway-specific manner. Our findings demonstrate that while Dsup broadly enhances resistance to genotoxic stress, it also imposes physiological costs and generates new dependencies on DNA repair and genome maintenance pathways.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».