Diversity and Structure of <i>Diaporthe humulicola</i> Populations from Eastern North America
Notice bibliographique
Résumé
Hop ( Humulus lupulus) production in the eastern United States has increased in recent years, prompting the need to understand emerging fungal pathogens in this region. This study is the first population genetics analysis of Diaporthe humulicola, a recently described pathogen causing halo blight. A total of 71 D. humulicola isolates from Michigan, New York, Minnesota, and Canada were sequenced and analyzed using Illumina 150 × 150-bp reads with 10× coverage. Single-nucleotide polymorphisms were discovered and filtered using the Genome Analysis Toolkit. After filtering and clone correction, 63 isolates remained for downstream analysis. Population structure was determined to have three clusters and was supported using STRUCTURE, principal component analysis, and discriminant analysis of principal components. Analyses showed that Michigan isolates closely clustered with isolates from Canada and New York, as well as one isolate from Minnesota. The rest of the Minnesota isolates clustered in an independent cluster. Minnesota isolates appear to have high levels of population differentiation when compared with the different populations exhibiting a high fixation index, a measure of population differentiation and low nucleotide diversity. Mating type was determined for each isolate, with Mat1-2-1 present in 61.9% of the whole population. We also detected signals of recombination in each of the fungal populations, with higher levels in Michigan and Canada. These findings highlight the genetic complexity and regional differentiation of D. humulicola populations, with implications for disease management and hop breeding programs.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».