Sideways lipid presentation by the antigen-presenting molecule CD1c
Notice bibliographique
Résumé
For the MHC, MR1 and CD1 systems, antigen recognition involves contact of the membrane distal surfaces of both the αβ T cell receptor (TCR) and the antigen-presenting molecule. Whether other antigen display mechanisms by antigen-presenting molecules operate remains unknown. Here, we report mass spectrometry analyses of endogenous lipids captured by CD1c when bound to an autoreactive αβ TCR. CD1c binds twenty-six lipid species with bulky headgroups that cannot fit within the tight TCR-CD1c interface. We determined the crystal structures of CD1c presenting several gangliosides, revealing a general mechanism whereby two lipids, rather than one, are bound in the CD1c cleft. Bulky lipids are oriented sideways so that their polar headgroups protrude laterally through a side portal of the CD1c molecule - an evolutionarily conserved structural feature. The sideways-presented ganglioside headgroups do not hinder TCR binding and so represent a mechanism that allows autoreactive TCR recognition of CD1c. In addition, ex vivo studies showed that the sideways-presented gangliosides can also represent TCR recognition determinants. These findings reveal that CD1c simultaneously presents two lipid antigens from the top and side of its cleft, a general mechanism that differs markedly from other antigen-presenting molecules. Despite extensive structural studies elucidating how antigens are anchored to antigen-presenting molecules and presented to T cells, little is known about the display mechanism of the lipid-antigen-presenting molecule CD1c. Here, by combining structural immunology, lipidomics, and biophysical analysis, the authors reveal that the CD1c binding cleft accommodates two different lipids, one of them with a bulky headgroup positioned sideways for display to T cells, rather than upwards, different from the conventional upright antigen-presentation mode
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».