MMP1 and MMP3 genes promoter nucleotide polymorphism in Cervical cancer in Ouagadougou, Burkina Faso
Notice bibliographique
Résumé
Background: Matrix metalloproteinases (MMPs) are enzymes involved in several normal physiological but also pathological processes. Genetic variations of several MMP promoters can influence the transcription and expression of MMPs such as MMP-1 (1607) and MMP-3 (1171) by creating ETS (Erythroblast Transformation Specific) binding sites. Correlations between these SNPs and several biological processes, such as metastases, recurrence of cancers, have been reported in several studies. This study aimed to evaluate the gap in transcription level of polymorphisms of each of the MMP1 and MMP3 genes, in cases of cervical cancer in Burkina Faso. In 92 women with histologically confirmed cervical cancer (CC), we genotyped MMP1 and MMP3 using standard PCR, followed by visualization on agarose gel, and then quantified the transcripts of these two genes via quantitative PCR. Results: We found a high frequency of 2G and 5A alleles in patients with CC. Analysis of the haplotypes indicated a strong associated presence of these two alleles, thus suggesting a synergistic action of the MMP1 and MMP3 polymorphisms to CC. Additionally, we found a high level of transcription linked to the presence of the 2G and 5A alleles in these cancers, suggesting a strong enzymatic activity of MMP1 and MMP3 in CC. Conclusion: The homozygous 2G2G and 5A5A genotypes of the MMP1 and MMP3 genes were the most frequent in the study population. The 2G and 5A alleles were most commonly found in cancerous lesions with a high level of transcription.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».