Panorama genômico da estirpe semia 5079 (=CPAC 15) de Bradyrhizobium Japonicum, recomendada comercialmente para a cultura da soja (Glycine max (L) merr.)
Notice bibliographique
Résumé
Resumo: O processo de fixação biológica do nitrogênio atmosférico (FBN) com bactérias das espécies Bradyrhizobium japonicum e B elkanii é fundamental para a viabilidade econômica da cultura da soja no Brasil Com a expansão da cultura no País, no início dos anos 196, também teve início um programa de seleção de estirpes adaptadas às condições ambientais e às cultivares nacionais e a estirpe SEMIA 579 (=CPAC 15), pertencente à espécie B japonicum, destacou-se por sua eficiência, competitividade e adaptação às condições ambientais estressantes, passando a ser utilizada em inoculantes comerciais desde 1992 Nesta última década, o seqüenciamento de alguns genomas de rizóbios permitiu obter grandes avanços no conhecimento da genética dessas bactérias, e este estudo teve por objetivo o seqüenciamento parcial do genoma da estirpe SEMIA 579, visando a identificação de genes relacionados à capacidade saprofítica, à competitividade e à eficiência do processo de FBN As leituras dos clones de bibliotecas do tipo "shotgun", construídas a partir do DNA total da SEMIA 579, resultaram em uma cobertura real de 13,17 % do genoma, com um total de 1371 CDSs ("coding sequences") anotadas, sendo 729 de função conhecida, 312 hipotéticas conservadas e 33 hipotéticas A classificação funcional das CDSs pelo banco de dados COG ("Clusters of Orthologous Groups of proteins") mostrou genes putativos em quase todas as classes Em relação ao banco KEGG ("Kyoto Encyclopedia of Genes e Genomes"), houve similaridade das seqüências anotadas na SEMIA 579 com outros 71 organismos, e a maior similaridade foi constatada com a estirpe USDA 11 de B japonicum, e com as estirpes BTAi1 e ORS278 de Bradyrhizobium sp Quatorze transposases foram encontradas, a maioria relacionada a seqüências de inserção, indicativo de plasticidade elevada do genoma da SEMIA 579; além disso, 4,54% das CDSs foram identificadas como genes parálogos, também relacionados à adaptação ambiental Várias CDSs foram anotadas como genes que codificam proteínas relacionadas à nodulação, como os genes nodB, nodD2 e nodW e à FBN, como os genes nifE, fixP, fixQ, fixR e fixO, além de outras proteínas envolvidas no ciclo do N No seqüenciamento parcial do genoma da estirpe SEMIA 579, 5,76 % das CDSs válidas codificam enzimas que participam de quase todas as vias de biodegradação de xenobióticos, podendo representar um reservatório importante de genes com potencial biotecnológico
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».