Análises genômicas para composição predita de ácidos graxos do leite em bovinos leiteiros: uma perspectiva longitudinal
Notice bibliographique
Résumé
Milk fat composition has important implications in the nutritional and processing properties of milk. In addition to nutritional and health aspects, milk fat composition can also be associated with cow physiological and health status. Milk fatty composition can be improved through various ways, including modification of the cow’s diet and genetic selection. The main objectives of this study were: 1) to estimate genetic parameters for five milk fatty acid (FA) groups (i.e., short-chain, medium-chain, long-chain, saturated, and unsaturated) predicted based on milk mid-infrared spectroscopy, for Canadian Ayrshire, Holstein and Jersey breeds; 2) to perform genomic prediction of breeding values using a longitudinal single-step GBLUP approach for these five traits; 3) to conduct a single-step genome-wide association study aiming to identify genomic regions, candidate genes and metabolic pathways associated with milk FA, and consequently, to understand the underlying biology of these traits. We used 31,709 test-day records of 9,648 Ayrshire cows from 268 herds, 629,769 records of 201,465 Holstein cows from 6,105 herds, and 34,341 records of 11,479 Jersey cows from 883 herds. The genomic database contained a total of 2,330 Ayrshire, 8,865 Holstein, and 1,019 Jersey animals. The average daily h2 ranged from 0.18 (long-chain FA) to 0.34 (medium-chain FA), from 0.24 (unsaturated FA) to 0.47 (medium-chain and saturated FAs) and from 0.25 (long-chain and unsaturated FAs) to 0.52 (medium-chain and saturated FAs) for Ayrshire, Holstein and Jersey, respectively. The reliability of the genomic prediction, when considering τ and ω equal to 1 (default), ranged from 0.540 (saturated) to 0.746 (unsaturated) in Ayrshire, and from 0.564 (long-chain) to 0.737 (medium-chain) in Holstein. When using the optimal τ and ω values, the Genomic Estimated Breeding Value’ reliability ranged from 0.528 (saturated) to 0.786 (unsaturated) in Ayrshire, and from 0.583 (long-chain) to 0.732 (short-chain) in Holstein. Important genomic regions were identified in the chromosomes BTA3, BTA5, BTA12, BTA13, BTA14, BTA16, BTA18, BTA20, and BTA21. The proportion of the variance explained by 20 adjacent SNPs ranged from 0.70% (SFA) to 1.12% (SCFA) in Ayrshire, from 0.71% (SFA) to 15.12% (LCFA) in Holstein, and from 0.70% (UFA) to 3.23% (MCFA) in Jersey. Important candidate genes with respective pathways were also identified. Important candidate genes and pathways were also identified. The results of this study contribute to better understand the genetic architecture of predicted milk FA in dairy cattle and will be of great value for the implementation of genomic selection for these traits.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».