Taxonomy and phylogeny of the leaf–inhabiting sooty molds in family Metacapnodiaceae
Notice bibliographique
Résumé
Metacapnodiaceae is one of the families of sooty molds in Ascomycota. Sooty mold fungi inhabit plant leaves, twigs, and trunks as spongy subicula composed of loosely tangled, black hyphae, usually in association with insect honeydew or plant leachates. Before my studies, DNA sequences were available from only two species in Metacapnodiaceae. Sooty molds' phylogenetic relationships have been difficult to study because they are difficult to culture. Further, they grow intermingled with other fungi and are difficult to separate for DNA extraction. To characterize Metacapnodium diversity at the species level, I collected two local species and borrowed specimens from international herbaria. I applied DNA sequence barcoding of ribosomal internal transcribed spacer regions of 16 collections, using a Metacapnodium-specific primer, followed by phylogenetic analyses. I describe and illustrate diagnostic morphological characters of 15 species of Metacapnodium. Using this combination of morphology and barcode phylogeny, I describe two new species and propose two new combinations. Earlier morphological study had led to two alternative hypotheses about relationships of Metacapnodiaceae in Ascomycota--it could be accommodated in class Dothideomycetes, order Capnodiales, or else in class Eurotiomycetes, order Chaetothyriales. To resolve the deeper relationships of Metacapnodiaceae, I sequenced partial nuclear ribosomal large subunit gene regions from five specimens and elongation factor 1-alpha gene regions from two specimens. I aligned my sequences with publicly available sequences from ribosomal DNA, RPB2 and Ef1-alpha gene regions. My analysis revealed that Metacapnodium is a sister group to the order Verrucariales, class Eurotiomycetes, contrary to earlier suggestions. These results are surprising because Verrucariales, the closest relatives of Metacapnodiaceae, are lichenized fungi and have little in common with Metacapnodium species. Resolving family relationships is relevant to age estimates of Ascomycota, as a fossilized Metacapnodium specimen in 24 million-year-old Bitterfeld amber has been inappropriately used to date Capnodiales. I can now infer that 24 million years ago is the most recent date that Metacapnodium could have diverged from Verrucariales. This example shows that by clarifying the phylogenetic position of Metacapnodium, we can gain insights into the evolutionary history and diversification of sooty molds and improve estimates of the timing of diversification of Ascomycota.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».