Biopsy-derived colonoid air-liquid interface monolayers reveal persistent mucosal defects in ulcerative colitis patients
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: The inflammatory bowel disease (IBD) ulcerative colitis (UC) is characterized by colonic mucosal inflammation and barrier dysfunction. We hypothesized that UC causes persistent defects in mucosal homeostasis, evident even in the absence of active inflammation, contributing to disease chronicity. METHODS: To test our hypothesis, we grew patient biopsy-derived sigmoid colonoids into air-liquid interface (ALI) monolayers, characterizing them through microscopy, proteomics, bulk RNA Sequencing (RNAseq), and their susceptibility to UC patient-isolated Escherichia coli pathobiont p19A. RESULTS: Non-IBD ALI monolayers formed uniform crypt-like structures and a thick mucus layer containing all epithelial-derived proteins previously identified in human colonic mucus. In contrast, ALI monolayers from UC patients displayed a range of impairments, with classification ranging from a mild phenotype with distorted architecture and a thinner, more permeable mucus layer to a severe phenotype with defects in cellular differentiation and an inability to produce a mucus layer. With the use of transcriptome analysis, we identified activated pathways associated with extracellular matrix formation and cell signaling, including numerous cancer-associated genes in UC ALI monolayers, which also proved significantly more susceptible to E. coli p19A. CONCLUSIONS: Taken together, the culturing of patient biopsies into ALI colonoid monolayers provides a powerful model to assess human colonic mucosal development, healing, homeostasis, and mucus barrier function, revealing that UC-derived colonoid monolayers display a range of developmental and functional defects that persist in the absence of inflammation.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».