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Enregistrement W7126245635 · doi:10.1109/iscmi67495.2025.11358604

Creating Optimal Edit Metric Codes using a Genetic Algorithm

2025· article· W7126245635 sur OpenAlexafffund
Gina Grossi, Sheridan Houghten, Beatrice Ombuki-Berman

Notice bibliographique

Revuenon disponible
Typearticle
Langue
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueDNA and Biological Computing
Établissements canadiensBrock University
Organismes subventionnairesNatural Sciences and Engineering Research Council of Canada
Mots-clésEdit distanceMetric (unit)Code wordCrossoverSet (abstract data type)Binary numberCode (set theory)Binary codeValue (mathematics)

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Implementing error correcting codes is a challenging problem in information theory and the search for optimal codes, those of maximum size, has been the focus of research for years. Edit distance is defined as the minimum number of substitutions, insertions, and deletions required to change one word into another. Edit metric codes can be used to detect and correct substitution, insertion, and deletion errors from noise that occurs during transmission or storage of data. Important applications include those related to DNA storage, in which all these types of errors can occur. A (n, M, d)qedit metric code consists of a set of M q-ary codewords of length n where all codewords are at edit distance at least d apart. Such a code is optimal if M has the largest possible value given n, d, and q. Using a steady state genetic algorithm, this work attempts to increase the largest known value or minimum bound of M for which there exists a binary edit distance metric code with fixed codeword lengths. This work compares the ability of variation operators (two crossover and two mutation) to produce the best known values of M for a set of parameters. The results show that most combinations of variation operators are able to match the best known results for the parameter sets used in this study. For n = 16, the combination of variation operators are able to increase the best known lower bounds.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,002
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,010
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Simulation ou modélisation · Signal consensuel: Simulation ou modélisation
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,004
Score d'incertitude au seuil0,012

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0020,010
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0020,001
Études des sciences et des technologies0,0010,001
Communication savante0,0010,002
Science ouverte0,0020,001
Intégrité de la recherche0,0020,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,015
Tête enseignante GPT0,284
Écart entre enseignants0,269 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSimulation ou modélisation
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2025
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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