Data for: Phylogenetic resolution and conflict in the species-rich flowering plant family Leguminosae
Notice bibliographique
Résumé
The Tree of Life is central to evolutionary biology, yet resolving deep, recalcitrant phylogenetic relationships remains challenging due to complex processes such as incomplete lineage sorting (ILS), hybridization, and polyploidization. Although previous phylogenetic studies have advanced our understanding of Leguminosae (Fabaceae), a species-rich and ecologically diverse family, many deep relationships at the tribal and higher levels remain unresolved. Integrating newly generated genome skimming data for 231 species with previously issued plastid genomic, mitochondrial genomic and transcriptomic data, we reconstructed a phylogeny of the family using whole plastome, 39 mitochondrial genes, and 1559 low-copy nuclear genes, achieving dense taxonomic sampling across almost all recognized tribes and major unplaced lineages. Our results supported the monophyly of the six subfamilies and 49 recognized tribes, resolved ten clades worthy of recognition as new tribes in subfamily Papilionoideae, and clarified many contentious relationships. However, nuclear-nuclear and cytonuclear conflicts persists at multiple nodes among trees inferred from different datasets and analytical methods. We propose the most probable resolution for 22 contentious nodes by applying nuclear gene-tree quartet analysis and corroboration from support of nuclear Maximum Likelihood (ML) and ASTRAL trees. Our results indicate ILS significantly contributes to observed phylogenetic conflicts, while gene flow represents an additional and previously underappreciated factor that mainly contributes to cytonuclear conflicts, particularly along the branches of the Angylocalyceae + Dipterygeae + Amburaneae (ADA) clade and Wisterieae. Both processes likely underlie recalcitrant phylogenetic relationships, such as those within the 50-kb inversion clade of Papilionoideae. Our study uses multiple data partitions and analytical methods to resolve contentious phylogenetic relationships in Leguminosae, resulting in a robust phylogenomic framework to guide further investigations in this economically important and exceptionally diverse family.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,003 | 0,013 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,005 | 0,009 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,001 |
| Communication savante | 0,002 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,003 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,072 | 0,040 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».