Exploiting the Tetraploid Wheat Pangenome: a functional resource for the whole wheat community
Notice bibliographique
Résumé
Durum wheat evolved from wild emmer through domesticated forms to modern cultivars. As donor of the A and B genomes of bread wheat, tetraploid wheats are key source of genetic diversity for modern breeding. Herein, we present preliminary results from the chromosome level assemblies of 40 tetraploid wheat genomes, selected from the Global Durum wheat Genomic Resource (GDGR, passport and genotypic data deposited in GrainGenes, https:// graingenes.org/GG3/global_durum_genomic_resources) to represent the full genetic spectrum of sequence variation across wild emmer, domesticated emmer landraces and cultivars for supporting evolutionary studies and pre-breeding efforts. As case studies, two loci related to disease resistance and spike development will be presented, providing insights into the effects of structural variation and allelic diversity and demonstrating the value of the pangenome in crop breeding. Short- and long-read RNA-sequencing data from multiple tissues of ten core accessions enabled pan-transcriptome analysis, classifying transcripts as core, shell or cloud. Early findings show genotype-specific expression in genes linked to metabolism, hormone signalling, and transcription. Ongoing co-expression network analysis aims to identify expression profiles tied to kernel development, with further investigation into links between transcript abundance, gene copy number and structural variation. Acknowledgements PANWHEATGRAIN (PRIN-2020), Agritech National Research Center, European Union Next-Generation EU (PIANO NAZIONALE DI RIPRESA E RESILIENZA (PNRR) – MISSIONE 4 COMPONENTE 2, INVESTIMENTO 1.4), CEREALMED (PRIMA-2019), INNOVAR, WHEATSECURITY and PRO-GRACE (H2020), Canadian Tetraploid Pan Genomics, National Projects supporting the Svevo Durum Wheat Genome Sequencing Consortium, the Tetraploid Wheat Pangenome Consortium and the development of the GDGR.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,003 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,007 | 0,005 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».