Abstracts presented at the 37th Annual Meeting of The Protein Society. ABS#599: Catechol 1,2-dioxygenase with improved thermostability
Notice bibliographique
Résumé
Catechol 1,2-dioxygenase (C12O) is involved in the catabolism of aromatic compounds and biosynthesis of cis, cis-muconic acid, an important precursor chemical and a compound of potential relevance to petrochemical replacement. However, the low thermostability of C12O is a hindrance to industrial application performance. In this study, the thermostability of a mesophilic C12O from Rhodococcus opacus was enhanced by the rational design and engineering of disulphide bonds in the protein structure. A computational pipeline of existing algorithms was used to identify possible locations for the introduction of stabilizing disulphide bonds. A set of selection criteria were used to narrow down the list of candidates, and molecular dynamic simulations were performed for each of the selected candidates under simulated thermal denaturing conditions. Subsequent wet bench testing of the selected candidates showed that two disulfide locations in particular (including an intra-subunit bond and an inter-subunit bond) yielded significant increases to protein thermostability. These two mutants showed greater than 5°C rises in melting temperature and T50, as well as significant increases in half-life at 40°C. Current work on a double mutant of these is ongoing to determine whether the effects of increased stability are additive. Overall, we conclude that the introduction of disulfide bonds resulted in significantly improved thermostability of C12O compared to wild type.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,002 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,200 | 0,103 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».