Notice bibliographique
Résumé
The MoxR family of AAA+ proteins is widespread throughout bacteria and archaea, but surprisingly little is known about their function. Here I present experimental characterization, bioinformatics analysis and an in-depth literature review of the MoxR family. My study reveals at least seven distinct MoxR lineages (subfamilies) including the MoxR Proper (MRP), TM0930, RavA, CGN, APE2220, PA2707 and YehL, and supports a role for these proteins in a variety of different systems. Despite their diversity, however, MoxR proteins appear to share a common method of action, namely an involvement in the assembly of multimeric complexes and a possible role in metal insertion. My gene neighbourhood analysis reveals a clear association between MoxR AAA+ and Von Willebrand Factor Type A (VWA) protein-encoding genes, in addition to a number of subfamily specific associations. I also present an in-depth analysis of the RavA subfamily, including a phylogenetic profiling study across a subset of RavA-containing organisms and extensive experimental characterization of a representative RavA protein from Eschcrichia coli K12 MG 1655. My experimental work includes biochemical, structural, and gene expression analysis. I demonstrate that RavA is a functional ATPase, which forms hexameric rings in the presence of nucleotide. Expression of RavA is under the control of the sigma S promoter, suggesting that it is important under stress response conditions. In addition, I provide evidence supporting an interaction between RavA and its corresponding VWA-encoding protein ViaA, suggesting the two proteins function as a system. RavA also interacts with the inducible lysine decarboxylase enzyme, Ldcl, forming a large cage-like structure which may be important in the regulation of RavA activity. The results of my profiling study and a microarray analysis using RavA/ViaA deletion and overexpression strains identify a number of candidate substrates, interaction partners and systems with which RavA and ViaA appear to be involved. My work provides invaluable information regarding the MoxR proteins and presents a useful groundwork upon which to base future studies.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».