The Utility of Second-Tier Genomic Sequencing for Hereditary Cancer Syndromes: A Mixed-Methods Study
Notice bibliographique
Résumé
Background: Identification of patients with hereditary cancer syndromes (HCS) is important to detect high-risk patients who become eligible for surveillance and preventive surgeries that reduce cancer risk or detect it earlier, reducing morbidity and mortality. Standard panels only identify 10-20% of HCS patients. Genomic sequencing (GS) may identify more high-risk patients; however, evidence demonstrating utility of GS in HCS is lacking. Methods: This mixed-methods thesis aimed to explore the utility of second-tier GS for HCS. The first study explored clinician-reported utility of GS for HCS and other indications through a qualitative study using semi-structured interviews with Canadian clinicians with GS experience. Transcripts were thematically analyzed using constant comparison. The second study evaluated clinical utility of second-tier GS for HCS through chart review and survey conducted for cancer patients undergoing GS in an RCT. Charts were reviewed to extract diagnostic yield and management changes data. The final study explored patient-reported utility of cancer GS results by conducting a qualitative study using semi-structured interviews with patients who received second-tier GS as part of the aforementioned RCT. Transcripts were analyzed using constant comparison, similar to aim 1. Finally, a narrative approach was used to integrate quantitative and qualitative data. Results: All three studies suggest that GS provides limited utility above standard panels in HCS patients. The first qualitative study found that cancer clinicians attributed minimal utility from second-tier GS, who emphasized that the additional low/moderate penetrance results identified would not change management. The second study revealed that second-tier GS identified pathogenic results in 10% of patients, most in low/moderate penetrance genes with minimal actionability and at the cost of a high VUS rate of 90%. Findings from the third study indicated that patients centered their perceptions of utility of GS results on whether they changed management. Consequently, patients without management changes perceived anxiety and became hypervigilant, experiencing harms. Conclusions: As a second-tier test, GS provided limited utility for cancer patients and may be triggering harms. Our findings call for practice interventions to support patients receiving uninformative results from cancer genetic testing and for research to establish the utility of first-tier GS in HCS.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,099 | 0,123 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,003 |
| Bibliométrie | 0,004 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,002 |
| Communication savante | 0,004 | 0,003 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,004 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».