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Enregistrement W7132915796

Thermodynamic Characterization of Non-Canonical DNA Structures

2024· dissertation· W7132915796 sur OpenAlexafffund
Arees Garabet

Notice bibliographique

RevueTSpace · 2024
Typedissertation
Langue
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueDNA and Nucleic Acid Chemistry
Établissements canadiensUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesUniversity of Toronto
Mots-clésHeat capacityDNACharacterization (materials science)Specific heatWork (physics)Measure (data warehouse)Function (biology)Sequence (biology)
DOInon disponible

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

In this work, we discussed the importance of heat capacity in evaluation of thermodynamic parameters such as ΔG, ΔH and ΔS. We used DSC to measure directly changes in heat capacity accompanying unfolding of DNA from the promoters of the c-MYC, VEGF and Bcl-2 oncogenes. The most accurate means of determining heat capacity changes accompanying GQ unfolding is provided by DSC measurements. Although DSC has been used to determine changes in heat capacity accompanying duplex-to-single strand transitions, there has been a lack of similar studies of GQ. This study provided conclusive evidence of the existence of ΔCP in GQ unfolding. To further reiterate the dramatic effect that ΔCP has on thermodynamic parameters, the extrapolated values of ΔG, ΔH and ΔS were compared for ΔCP = 0 and ΔCP ≠ 0. When extrapolated to biologically relevant temperatures, the value of ΔG, when ΔCP is neglected, the error margin may be as large as 140%. Moreover, we designed a hairpin-based monomolecular DNA construct to further understand duplex-tetraplex equilibria. The sequence of the hairpin is derived from the c-MYC oncogene with the G-rich and C-rich strands by a T11 link. We used a CD-based approach to characterize the distribution of conformational states as a function of environmental conditions. Our work further reiterated the notion that both GQs and iM can exist in tandem.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,005

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,001
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,005
Tête enseignante GPT0,284
Écart entre enseignants0,279 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2024
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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