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Enregistrement W7132941855

The impact of heptose phosphates on HIV latency and human immune responses

2023· dissertation· W7132941855 sur OpenAlexaff
Furkan Guvenc

Notice bibliographique

RevueTSpace · 2023
Typedissertation
Langue
DomaineImmunology and Microbiology
ThématiqueHIV Research and Treatment
Établissements canadiensUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésImmune systemLatency (audio)ViremiaPeripheral blood mononuclear cellCytokineHuman immunodeficiency virus (HIV)Virus latency
DOInon disponible

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Use of HIV-specific antiretroviral therapeutic agents (ARTs) achieves total control of viremia and prevents progression of HIV to AIDS, but they are not a cure. Shock-and-kill therapy aims to use HIV latency reversal agents to promote clearance of HIV infected CD4 T-cells that make up the HIV reservoir to achieve drug-free remission from HIV. Latency reversal agents proposed for shock-and-kill showed suboptimal clinical performance and novel compounds that can promote HIV latency reversal and promote an antiviral immune response is sorely needed. Work in our lab dedicated to unravelling the molecular mechanisms behind the infectious synergy between Neisseria gonorrhoeae and HIV discovered that heptose phosphates are a novel class of microbe-associated molecular patterns (MAMPs) that is shed by N.gonorrhoeae to drive the modulation of an inflammatory response through the TIFA-dependent NF-κB signaling cascade. Here, I report that immunogenic heptose phosphates show promise as HIV latency reversal agents. Heptose phosphates effectively induced HIV latency reversal in neoplastic T-cell lines latently infected with HIV without overt toxicity and activated NF-κB and NFAT in a TIFA dependent manner. Further, heptose phosphates synergized with conventional latency reversal agents. Despite causing limited and donor specific HIV latency reversal in CD8 T-cell depleted PBMCs and failing to promote HIV latency reversal in primary CD4 T-cells latently infected with HIV ex vivo, heptose phosphates induced specific activation of memory CD4 T-cell subsets in peripheral blood mononuclear cell (PBMC) cultures. Heptose phosphates induced a diverse cytokine response indicative of simultaneous pro- and anti-inflammatory immune responses. Taking an unbiased approach to determine the cells responsible for this apparent contradiction, single-cell RNA sequencing of PBMCs from a healthy donor treated with heptose phosphates was performed. This approach revealed a type-II interferon response shared across cells present in the dataset. This response primed CD4 T-cells to respond to heptose phosphates further by increasing TIFA protein within them. This priming effect showed potential for HIV latency reversal induction in PBMCs from chronically HIV infected donors. Overall, heptose phosphates display characteristics of HIV latency reversal agents and ongoing research is warranted to make use of these compounds in the clinic a reality

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,004

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,023
Tête enseignante GPT0,388
Écart entre enseignants0,365 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2023
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