Antibodies in Infectious Diseases: HIV Biomarker Discoveries, Complement Enhanced SARS-CoV-2 Neutralization and Vaccine Generation
Notice bibliographique
Résumé
The main barrier towards an HIV cure is the presence of latently HIV-infected cells that make up the viral reservoir which persists through antiretroviral therapy. Although there is some leaky protein transcription in these latent cells, they evade immune surveillance and through homeostatic proliferation, maintain the viral reservoir. To eradicate the viral reservoir, one must be able to target it through the use of a biomarker. In the first part of this thesis, sea lamprey were immunized with latently HIV-infected T cells to generate a library of lamprey antibodies. 1273 antibodies were isolated and screened against HIV infected and non-infected primary cells. 25 antibodies were found to be specific to HIV infected cells which are currently being classified further.Due to the COVID pandemic, HIV research was placed on ‘hold’ in order to develop SARS-CoV-2 neutralization assays and COVID vaccine development efforts. In chapter 3 we report the SARS-CoV-2 neutralization titers of human convalescent sera were consistent across all disease states except for severe COVID-19, which yielded significantly higher neutralization titers. Heat inactivation of human convalescent serum was shown to inactivate complement proteins, and the contribution of the complement system in SARS-CoV-2 neutralization was often over 50% and mainly driven through the classical pathway. In some cases, heat inactivation completely abolished neutralization levels to undetectable levels. This effect was also observed in COVID-19 vaccinees and could be abolished in individuals who were being treated with anti-complement antibodies for other diseases. Safe and effective vaccines are needed to end the COVID-19 pandemic. In the final chapter we report the preclinical development of a lipid nanoparticle formulated SARS-CoV-2 mRNA vaccine. Tests in mice and hamsters indicated that PTX-COVID19-B induced robust humoral and cellular immune responses and completely protected the vaccinated animals from SARS-CoV-2 infection in the lung. Mouse immune sera elicited by PTX-COVID19-B vaccination neutralized SARS-CoV-2 variants of concern, including the Alpha, Beta, Gamma and Delta lineages. No adverse effects were induced by PTX-COVID19-B in either mice or hamsters. Based on these results, PTX-COVID19-B was authorized by Health Canada and had passed a phase 2 clinical trial.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».