Phylogenetic relationships of shorebirds (Aves: Charadriiformes): Evidence from sequences of nuclear and mitochondrial genes
Notice bibliographique
Résumé
The shorebirds (Aves: Charadriiformes) are a large and diverse group of non-passerine birds, whose phylogenetic relationships have been difficult to recover because previous studies have used characters that are limited in their resolution power. Here, I examine the utility of DNA sequences from both the mitochondrial and nuclear genomes to infer phylogeny at the family and generic levels in shorebirds. Both types of sequence data recover three subordinal clades of shorebirds: Scolopaci (sandpipers and allies), Lari (gulls and alcids) and Charadrii (plovers and oystercatchers), and highly-supported, congruent topologies. The Charadrii is found to be sister to a (Scolopaci + Lari) clade, which is different than all previous hypotheses of shorebird phylogeny based on morphological and biochemical data. Patterns of evolution in a 3 kb nuclear exon (RAG-1) reveal a homogeneous nucleotide composition and rate of substitution among lineages, making this gene useful for resolving and estimating the timing of deep divergences in this clade. The 14 mitochondrial genes examined are variable in rate, and therefore are useful to construct phylogeny at many different taxonomic levels. However, complex models of substitution are required to accurately estimate distances among taxa that are divergent. This approach confirms the historically recognized division of Paleognath and Neognath birds, when shorebird mitochondrial DNA is analyzed with other published avian mitochondria) genomes. The mitochondrial gene order of shorebirds was also found to be variable around the control region, and is associated with a tandom duplication of these sequences. In addition to contributions to avian systematics, the mitochondrial genomes of shorebirds will also advance understanding of patterns of evolution at the genomic level.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».