Exploring the relationship between CHD1 and MYC in cancer and development
Notice bibliographique
Résumé
Phenotype arises from genotype as a result of gene expression during embryonic development. Transcription is a tightly regulated phenomenon in biology and can be tuned to different levels depending on the cellular and environmental state. To allow for optimal transcription, a permissive chromatin landscape is necessary. One essential modulator of this open chromatin organization in mouse embryonic stem cells (mESCs) is the chromatin remodeler Chd1. Genomic binding of Chd1 overlaps with the activating histone mark H3K4me3, the transcription factor c-Myc (Myc), and RNA Polymerase II. Chd1 controls transcriptional output in part by nucleosome eviction, allowing for optimal RNA Polymerase activity. One transcription factor often associated with maintaining physiological levels of transcription is Myc, an oncogene commonly activated in various types of human cancer. As such, I hypothesize that Chd1 may play a key role in Myc-driven cancer. In Chapter 2, I explore this epistatic interaction in a model of human breast cancer. I found that the knockdown of CHD1 suppresses tumorigenesis in a MYC-driven breast cancer model. Through RNA-sequencing and ATAC-sequencing, I determined that the anti-tumour effects of CHD1 knockdown were attributable to p53 activation. This leads to the disruption of the cell cycle and increased nucleolar stress. This work provides evidence that CHD1 may be a promising therapeutic target in MYC-driven breast cancer. In Chapter 3, I investigate the role of Chd1 using a Myc- driven murine blood cancer model. In this study, Myc-activation drives an increase in white blood cell populations in the hematopoietic compartment that is rescued by the genetic deletion of Chd1. Taken together, this work indicates that CHD1 and MYC genetically interact in the regulation of transcription and that CHD1 may be a promising target in at least breast cancer and even beyond.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».