MétaCan
Menu
← Retour à la cohorte
Enregistrement W7132973604

Genetic consequences of plate tectonics: cytonuclear discordance in phrynosomatid lizards of Baja California, Mexico

2007· dissertation· W7132973604 sur OpenAlexfundno aff
Johan Sackarias Lindell

Notice bibliographique

RevueTSpace · 2007
Typedissertation
Langue
DomaineEnvironmental Science
ThématiqueAmphibian and Reptile Biology
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaSweden-America FoundationRoyal Swedish Academy of SciencesUniversity of Nevada, RenoSan Diego State University
Mots-clésBiogeographyGlacial periodPeninsulaPhylogeographyQuaternaryPopulationMitochondrial DNACape
DOInon disponible

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The peninsula of Baja California of northwestern Mexico has a complex geological history. Since the early Miocene, intense plate tectonic activity, volcanism, and sea level changes have combined to form a diverse landscape. The geological history has had profound effects on the regional biota. I evaluated the genetics of three common phrynosomatid lizards in relation to data from geology, paleontology, and stratigraphy to provide a better understanding of the historical biogeography of this region. I also addressed the evolutionary significance of temporary population fragmentation and the genetic interactions of reunited populations. Using sequence data from three mitochondrial genes (ca 2,000 bp), I reconstructed the genealogical histories of the zebra-tailed lizard (Callisaurus draconoides) and the black-tailed brush lizard (Urosaurus nigricaudus) based on samples spanning the entire peninsula and insular populations from the Gulf of California. The genealogies revealed several deep divergences (up to 11% sequence divergence in cytochrome b), supporting the existence of temporary seaways across the mid-peninsular, Isthmus of La Paz, and Cape regions, and extensive inundation of the peninsula in the vicinity of Loreto. My results also suggest a significantly deeper time frame for the historical biogeography of Baja California than currently postulated. This includes evidence of a mid-peninsular seaway of late Miocene age (ca 7 million years ago). This event is also a more parsimonious explanation for the geographically congruent mitochondrial DNA (mtDNA) breaks of numerous species than the effects of climate on genetics, such as the cyclic pattern of Quaternary glaciation events. The deep divergences in mtDNA strongly contrast with variation in allozyme loci, which suggests limited population differentiation consistent with gene flow along the peninsula. This cytonuclear discordance stems from the different modes of inheritance of mtDNA and nuclear DNA (maternal versus biparental inheritance) and lack of recombination in mitochondria. Accordingly, mtDNA differentiation is a poor proxy for biparental population differentiation. Cytonuclear discordance is particularly strong in old secondary contact zones in the black-tailed brush lizard and the side-blotched lizard (Uta stansburiana). These contact zones show very little geographical overlap of divergent mtDNA lineages, suggesting some form of selection against mtDNA dispersal across contact zones.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,057
Score d'incertitude au seuil0,113

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,013
Tête enseignante GPT0,302
Écart entre enseignants0,289 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2007
Routes d'admission1
Résumé présentoui

Explorer davantage

Même revueTSpace→Même sujetAmphibian and Reptile Biology→Travaux en français237 207→