Notice bibliographique
Résumé
This study deals with thermodynamic characterization of the role of water in drug-DNA and protein-DNA recognition. To this end, we have employed volumetric, calorimetric, and spectroscopic measurements to study the binding of an intercalator (ethidium bromide), a minor groove binder (Hoechst 33258), and a repressor (cro protein) to various DNA structures. A common feature of these reactions is the large number of water molecules that are released to the bulk upon the binding. Specifically, ethidium association with poly(rA)poly(rU), poly(dAdT)poly(dAdT), poly(dGdC)poly(dGdC), poly(dIdC)poly(dldC), and poly(rU)poly(rA)poly(rU) is accompanied by a net release of 11+/-3, 23.5+/-3, 18+/-3, 18+/-3, and 3.5+/-4.5 water molecules per binding site, respectively. Hoechst 33258 association with d(CGCGAATTCGCG)2, poly(dAdT)poly(dAdT), and poly(dA)poly(dT) results in release of 55+/-8, 54+/-5, and 63+/-4 waters to the bulk, respectively. Cro binding to its consensus operator DNA induces a release of approximately 800 waters from both their hydration. The thermodynamic contribution of dehydration is highly favorable being, in absolute magnitude, on the order or higher than the net binding free energy. Conformational contributions to the free energy are also evaluated in all binding events. Our results suggest that, for the reactions of intercalation and cro binding, the favorable contribution of hydration changes is nearly offset by an unfavorable change in configurational entropy of the reacting molecules. A large decrease in configurational entropy of cro protein and its operator DNA is consistent with significant conformational changes of these molecules accompanying their association. The binding-induced structural perturbations of cro and the related increase in its rigidity are reflected in a dramatic 45% decrease in the intrinsic coefficient of adiabatic compressibility of the protein. In general, our results emphasize the significant role of water in determining the specificity and affinity of DNA recognition and the need for expanding such studies to further characterize the structural and thermodynamic contributions of hydration in important biochemical reactions.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».