Extracellular Contractile Injection Systems (eCIS) - Characterization of Conserved Phage Tail-like Structures in Streptomyces
Notice bibliographique
Résumé
Extracellular contractile injection systems (eCIS) are bacteriophage tail-like structures produced by bacteria that have been implicated in diverse interactions with eukaryotic cells. Despite their distribution across many bacteria and archaea they have been relatively understudied and are often misclassified as other secretion systems or tailocins. In this work I performed a comprehensive analysis of eCIS across bacterial genomes. I show that all eCIS are comprised of nine core protein families and are closely related to contractile phage tails, a relationship emphasized by the discovery of rare eCIS-like prophages that are the likely evolutionary link between the two. I classify eCIS into six distinct groups and show that group 1 eCIS are ubiquitous in the Streptomyces genus, where their production is linked to the developmental program of these complex filamentous bacteria. The eCIS of Streptomyces coelicolor are natively produced as intracellular phage tail-like structures. Mutations that abrogate eCIS formation cause developmental defects and reduced levels of hyphal cell death at specific times during differentiation that correlate with maximal eCIS production, suggesting a potential role in programmed cell death.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».