Development of Flow Based In vivo NMR for Understanding Metabolic Indicators of Stress
Notice bibliographique
Résumé
In vivo nuclear magnetic resonance (NMR) has proven to be an excellent tool for probing complex biological processes inside living organisms. In order for 2D NMR work in this thesis to be carried out, model organisms routinely used in aquatic toxicity screening, including D.magna and H.azteca were applied in these studies once fully 13C enriched (99 % 13 C enrichment). In Chapter 2, a selective NMR experiment, termed the (H)CbCa(COCa)Ha experiment, was implemented here to explicitly target free amino acids inside living 13C enriched D.magna. By applying this experiment, it was also possible to discern oxidative stress inside the organisms due to sub-lethal BPA (bisphenol-A) exposure. In Chapter 3, a quantitative 2D NMR experiment (perfect-HSQC) was tested and the results showed that it could be used to achieve excellent quantitation of key metabolites inside living 13C enriched D.magna when integrated with 2D ERETIC (Electronic Reference To access In vivo Concentrations) protocols. In Chapter 4, a 1H detect experiment combined with a 13C filter that only detects the probe molecules (1H attached to 12C) was successfully used to follow lipid assimilation (12C algal food source, C.reinhardtii) and biotransformation (natural abundance nicotine) in vivo using living 13C enriched D.magna and living 13C enriched H.azteca respectively. For Chapter 5, a time resolved variant of the standard (H)CbCa(COCa)Ha NMR experiment used in Chapter 2 was applied here using living 13 C enriched D.magna and BPA as the model contaminant. By simultaneously tracking the metabolic flux in the 13C enriched daphnids along with a concentration sweep of > 1000 different concentration measurements (of BPA) in a single NMR experiment, it was then possible to discern the lowest concentration that elicits a statistically significant response in the organism’s metabolome. This is denoted here as the LCDR and is an important metric for establishing proper environmental policies and regulations. In summary, the four research-based Chapters that constitute this thesis should help in the future to produce a more robust, and meaningful foundation for understanding aquatic toxicity in general.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».