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Enregistrement W7133039434

Detection and Identification of Active Serine Proteases in the Lower Female Reproductive Tract: A Functional Approach

2019· dissertation· W7133039434 sur OpenAlexaff
Carla Muytjens

Notice bibliographique

RevueTSpace · 2019
Typedissertation
Langue
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueProtease and Inhibitor Mechanisms
Établissements canadiensUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésProteasesProteomeSerineProteomicsSerine proteaseMenstrual cycleLuteal phaseProteolysis
DOInon disponible

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Proteases irreversibly modify proteins by hydrolyzing the bonds between amino acids and are implicated in virtually every significant biological process. Many proteases have previously been identified in cervical-vaginal fluid (CVF), the fluid covering the tissues of the lower female reproductive tract, and have been linked to a myriad of processes including the susceptibility to sexually transmitted diseases, pain sensitivity during sexual intercourse, extracellular matrix remodeling and vaginal epithelial desquamation. Interestingly, human CVF differs from other mammals in that it is uniquely acidic with levels of 4.5 or less which poses a substantial challenge for proteolytic activity in this environment. An integrated proteomic and peptidomic analysis of CVF confirmed that approximately 8% of the CVF proteome consists of proteases, predominantly serine proteases. Detailed proteomic analysis of CVF samples collected throughout the follicular and luteal phases of the menstrual cycle demonstrated that the CVF proteome remains consistent throughout the menstrual cycle. Functional proteomics using an activity-based probe (ABP) has emerged as a powerful tool to study active proteases within complex proteomes. In the current study, ABP profiling of CVF resulted in the identification of transmembrane protein serine 11D (TMPRSS11D) and kallikrein-related peptidase 13 (KLK13) as active trypsin-like serine proteases. Immunoassays showed that KLK13 is highly abundant in CVF and the expression of a panel of KLKs is not affected by the menstrual cycle phase. The finding that multiple KLKs are present at high abundance levels in CVF strengthens the hypothesis that the reproductive tissues and associated fluids are an important site for proteolytic functioning. We also observed a near complete cessation of trypsin-like proteolytic activity at physiological pH levels in CVF. Therefore, we propose a novel mechanism in which conditions characterized by an elevated pH in CVF, such as male ejaculation, postmenopausal status and bacterial infection, provide a window of opportunity for proteolytic activity in the lower female reproductive tract. Considering the fact that the proteases are involved in virtually every significant biological process, understanding the protease activity and functioning in CVF can provide important insights in their mechanism of action and ultimately lead to novel protease-targeted therapeutics.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,003

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,001
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,015
Tête enseignante GPT0,276
Écart entre enseignants0,261 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2019
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Résumé présentoui

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