Copper metalloproteomics: using immobilized metal affinity chromatography, two-dimensional gel electrophoresis and mass spectrometry to search for hepatocellular proteins with copper-binding ability
Notice bibliographique
Résumé
Copper is an essential trace element that participates in diverse biochemical reactions in all aerobic organisms. We have outlined the make up of the human copper metalloproteome. HepG2 cytosolic and microsomal fractions were applied to a copper(II)-loaded immobilized metal affinity chromatography (IMAC) column. Bound proteins were eluted with 50 mM EDTA, separated by 2D-gel electrophoresis and identified by MALDI-QqTOF mass spectrometry. We identified 48 cytosolic proteins and 19 microsomal proteins with copper-binding ability. To our knowledge, this is the first effort to describe the composition of the copper metalloproteome. Members of the 2-Cys family of peroxiredoxins (Prxs) were identified in this study but were not previously known to bind copper. Results presented here indicate that Prx3, a 25 kDa mitochondrial protein with peroxidase activity, converts Cu(II) to Cu(I) and binds Cu(I) with a stoichiometry of 2 mol Cu(I) per monomer of protein. The physiological relevance of Prx3 copper-binding is unclear.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».