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Enregistrement W7133044009

Targeted Protein Degradation for the Prevention of Pathological Glycogen Accumulation

2023· dissertation· W7133044009 sur OpenAlexaff
John Israelian

Notice bibliographique

RevueTSpace · 2023
Typedissertation
Langue
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueProtein Degradation and Inhibitors
Établissements canadiensUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésGlycogenGlycogen synthaseGene knockdownDrugDruggabilityDrug discoveryGlycolysisGlycogenolysis
DOInon disponible

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

A peculiar feature common to certain rare diseases and cancers is the overaccumulation of glycogen. Glycogen Storage Diseases (GSDs) are a group of rare genetic disorders defined by an overaccumulation of glycogen in various tissues that often proves fatal. This overaccumulation can be attributed to malformed, insoluble glycogen particles or deficiencies in glycogen digesting enzymes. Knockdown of Glycogen Synthase 1 (GYS1), the rate-limiting enzyme of glycogenesis, in preclinical models of GSDs reduced pathological glycogen accumulation and has validated GYS1 as a potential therapeutic entry point for these indications. The genetic knockdown of GYS1 in certain cancer xenografts reduces tumor volume, but GYS1 as a therapeutic target in cancer, including glycogen’s role in tumorigenesis beyond an energy source, requires further investigation. Despite the significance of this metabolic pathway, there is currently no targeted, small molecule chemical probe of GYS1 to interrogate the inhibition of glycogenosis in these indications. Meanwhile, there has been a recent surge in the development of bifunctional molecules known as proteolysis-targeting chimeras (PROTACs) as therapeutics and chemical probes. Targeted protein degradation has revolutionized drug discovery and provides a new approach to drug the “undruggable”. Despite the first demonstration over twenty years ago, designing and discovering PROTACs for therapeutic targets have recently become a bona fide strategy in small-molecule drug development. Herein, this dissertation discloses efforts to discover PROTACs that induce GYS1 degradation to further examine the physiological role of glycogen and potentially add to the toolkit of therapeutics for targeted glycogen depletion.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,003
Score d'incertitude au seuil0,010

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,001
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0030,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,054
Tête enseignante GPT0,376
Écart entre enseignants0,322 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2023
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Résumé présentoui

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