Zebrafish genomics and its applications: vertebrate model system for understanding human cardiovascular development
Notice bibliographique
Résumé
The zebrafish, Danio rerio is an excellent model for vertebrate developmental genetics. In order to characterize gene expression patterns of the zebrafish during embryonic development, a genomic resource of data and clones was initiated by large-scale partial sequencing of randomly selected cDNA clones to generate expressed sequence tags (ESTs) from zebrafish embryonic (3-day) heart cDNA library. Generation of 5,102 ESTs from the zebrafish embryonic heart cDNA library, representing the first and only catalogue of genes expressed in the embryonic zebrafish cardiovascular system. Clustering of all ESTs identified approximately 3,690 unique transcripts. Radiation hybrid mapping was performed for 102 ESTs and comparison of map positions between zebrafish and human identified new synteny groups. Further acquisition of ESTs from zebrafish adult heart and skeletal muscles cDNA libraries, coupled with the development of the 4,700 unique genes zebrafish cDNA microarray, allowed for large-scale gene expression analysis of the zebrafish during development and to the study of the effects of hypoxia on the zebrafish. In the former analysis, a total of 801 genes were identified to be differentially expressed during 5 different stages of development, including many novel developmentally regulated genes. In the latter analysis, expression profiling reveals the adaptive mechanisms of how zebrafish embryos survive under hypoxia. Hypoxia induces changes in gene expression patterns in the zebrafish embryos and these patterns are reverted back upon re-exposure to normoxia (20.8% O2). Characterizations of novel developmentally regulated genes as determined through the microarray analysis identified a novel zebrafish helix-loop-helix gene. Subsequent in situ hybridization and RT-PCR analysis confirmed that the Id7 gene is developmentally regulated. Overall, these results illustrate the power of ESTs and cDNA microarray as genomic tools for large-scale analyses of gene expression of the zebrafish during development and its responses to hypoxia. This study demonstrates the powerful utility of the EST database and the potential of cDNA microarray for the analysis of zebrafish mutants that affect various aspects of zebrafish development. Further utilizations of current resources, coupled with further additions of clones on the array should increase the power and sensitivity of this technology.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,009 | 0,004 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».