Notice bibliographique
Résumé
Osteoarthritis (OA), a common joint disease affecting mainly the middle-aged and elderly, is characterized by a progressive loss of articular cartilage. Currently, there is no effective therapy for OA, and disease-modifying therapies await identification of novel diagnostic and therapeutic targets. Our hypothesis is that expressed sequence tags (ESTs) and microarrays can be used to identify differences in gene expression profiles between embryonic, normal and diseased cartilage. Documenting these differences will allow us to identify key genes of relevance in OA, information that is an essential prerequisite for developing disease-modifying therapies for cartilage injury and disease. We first constructed a cDNA library from fetal cartilage and analyzed 5,603 ESTs. Of these, 3,420 ESTs matched known genes and represented 1,370 unique genes. Collagen type II, alpha 1 (COL2A1) was the most abundant gene. 127 novel ESTs (with no match) were discovered. One of these, FCR0572, was further studied and mapped to chromosome 9p21-22. Its mRNA was expressed in five fetal tissues. We then constructed cDNA libraries from mild and severe OA cartilage. Over 7000 ESTs were obtained from each library. Non-redundant analysis of ESTs with known gene matches resulted in 1,612 and 1,677 unique genes in mild and severe OA, respectively. By calculating relative EST frequency levels, we identified several differentially expressed genes, such as proteoglycan 4 (or megakaryocyte stimulating factor, MSF). Genes highly expressed in both mild and severe OA were also identified. One of these genes, beta-2 microglobulin (B2M), was further studied for its role in OA. We found that B2M levels in synovial fluid were significantly higher in OA joints than in normal joints. We then demonstrated that OA cartilage in vitro could produce B2M. At a concentration of 10 μg/ml, B2M showed an inhibitory effect on OA chondrocyte proliferation. Furthermore, we explored the effects of B2M on chondrocyte gene expression by using cDNA microarrays. Collagen type III, alpha 1 was one of the genes up-regulated two-fold by B2M. Our results demonstrate that EST-based approach and microarray are powerful tools for exploring cartilage biology and diseases at a molecular level.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».