Profiling plant circRNAs as a guide for expression of plant genes involved in viral infection.
Notice bibliographique
Résumé
In this study, we explore the changes in the expression of plant circRNAs as a guide to trace plant gene expression during viral/viral component infections, focusing on the circRNAs dysregulation and their role in triggering plant cell responses. Our investigation distinguishes host-virus (TRoV) determinants versus non-host virus (RYMV) in Arabidopsis thaliana (A. thalian) plants. We identified 760 plant circRNAs with varying abundances, primarily encoded in exonic regions, and further analyzed their distribution across all A. thaliana chromosomes. Notably, the chloroplast chromosome exhibits the highest number of circRNAs compared to other chromosomes, suggesting the chloroplast as a circRNA hotspot in response to viruses and/or viral genes. Gene ontology (GO) analysis indicates that most host genes encoding these circR-NAs are primarily associated with plant development and protein binding activity, suggesting a potential role for circRNAs in the regulation of their host genes. Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) analysis highlights photosynthesis as the most enriched pathway among the identified circRNAs. While some circRNAs are anticipated to function as decoys for miRNA binding, such as circRNA AT1G01520 targeting ath-miR396b-5p, it is noteworthy that the major-ity of identified circRNAs do not correspond with miRNA sequences. Additionally, the non-coding exogenous circular satellite RNA (scLTSV) (virusoid) is shown to affect specific genes. Our results demonstrate that numerous cellular circRNAs (e.g., ATCG00030 (ciRNA106) and ATCG00130 (ciRNA11)) are induced solely by scLTSV. One circRNA (circRNA2) with an open reading frame (ORF) codes for a protein similar to a described wheat protein with monooxy-genase activity. CircRNA205, displaying significant expression changes between non-host and host viruses, also contains a translatable ORF. RYMV genomic RNA is transcribed in transgenic A. thaliana by the 35S promoter but is unable to replicate (non-host), impacting host eIF4G ex-pression (AT3G60240). Intriguingly, expression of transgenic scLTSV (satellite RNA) in A. thali-ana enhances plant resistance to TRoV infection. These findings contribute to our understand-ing of circRNA-mediated mechanisms in plant-virus interactions, shedding light on potential av-enues for improving plant resistance to viral infections.
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Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
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machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».