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Enregistrement W7133085508

Identification of differentially expressed genes in rhabdomyosarcoma

2002· dissertation· W7133085508 sur OpenAlexafffund
Sze Chan

Notice bibliographique

RevueTSpace · 2002
Typedissertation
Langue
DomaineMedicine
ThématiqueSarcoma Diagnosis and Treatment
Établissements canadiensUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesNational Cancer InstituteHospital for Sick Children
Mots-clésComplementary DNARhabdomyosarcomaGeneCarcinogenesisMYF5Gene expressionPAX3Rapid amplification of cDNA endsExpressed sequence tag
DOInon disponible

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Rhabdomyosarcoma (RMS) is the most common soft tissue sarcoma of childhood. Clinical presentation of RMS is diverse with the common characteristic of skeletal muscle differentiation. Two major histologic subtypes of RMS exist, alveolar (RMS-A) and embryonal (RMS-E), each with varying clinical presentation. Despite continued improvement in multi-modal therapy, long-term survival of RMS remains 60–70% using current regimens. Molecular genetic studies in cancers have revealed a new level of understanding in tumorigenesis and have proven useful in designing novel therapeutics. Previous studies have shown that molecular genetic alterations in RMS were heterogeneous with some being subtype-associated. Since alterations of gene expression can directly lead to the onset and progression of cancer, expression analysis of RMS-A and RMS-E were studied by two different techniques: low-density cDNA expression array and Representational Difference Analysis (RDA). Using cDNA array, heterogeneous expression of paxillin was identified between RMS tumors, with an overall increased expression in RMS when compared to normal tissues. The role of paxillin, a focal adhesion protein, in RMS tumor invasion and metastasis is thus implicated. With RDA, a novel non-coding RNA, given the name NCRMS ( Non-Coding in RMS), was isolated with increased expression in RMS-A. Partial sequence identity to expressed sequence tags from various species strongly suggested functional importance, but the absence of protein-coding properties implied a mode of action at the RNA level. Alternatively spliced transcripts were also identified. NCRMS is located on chromosomal region 12g21, in-between a pair of myogenic regulators Myf5 and Myf6 and the growth factor Igf1. Striking similarity in the relative position and context of NCRMS was noted with a well-recognized non-coding gene H19 on chromosomal region 11p15. H19 is located in-between another myogenic regulator MyoD1 and the growth factor Igf2, a homolog of Igf1. Function of NCRMS may thus be postulated in relation to H19. Overall, the work in this thesis revealed additional molecular genetic alterations in RMS. These changes point to various aspects of RMS tumor development. The identification of these changes will contribute to further understanding of potential mechanisms in RMS tumorigenesis.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,003

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,028
Tête enseignante GPT0,329
Écart entre enseignants0,301 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2002
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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