Notice bibliographique
Résumé
The accurate control of when and where genes are expressed is central to our understanding of development and disease. Elucidating the mechanisms that control this complex, multifaceted process is a major endeavor at the forefront of genetics and genome biology. The acute phase response (APR) is an evolutionarily conserved systemic response to inflammation that triggers rapid gene expression changes in the liver and other tissues. Genes induced during the APR are regulated via unique mechanisms that facilitate their rapid expression upon stimulation while maintaining their silencing under basal conditions. To dissect the mechanisms controlling APR gene expression, I employ a combination of epigenetic profiling, comparative genomics, and chromatin conformation capture to characterize the cis-regulation of a representative APR gene, PLAU. I investigate how PLAU is dysregulated in Quebec platelet disorder, a bleeding disorder in which a single tandem-duplication of PLAU causes its ectopic >100-fold overexpression in platelets and megakaryocytes. I demonstrate that the silencing of PLAU is normally facilitated by local 3-dimensional (3D) chromatin architecture which isolates it from the activity of nearby tissue-specific enhancers, while disruption of this architecture in QPD results in ectopic activation of PLAU by a conserved megakaryocyte enhancer. Employing a similar multi-omics approach, I investigate genome-wide transcriptional and epigenetic changes during the APR in the context of 3D chromatin architecture in the mouse liver. I demonstrate that enhancer-gene pairs within the same chromatin loop are more likely to show concordant changes in gene expression than equidistant genes in different domains, together illustrating a paradigm in which 3D chromatin architecture coordinates both the activation and silencing of acute-phase gene expression.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,003 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».