Characterizing Human and Viral Proteins in the HIV-1 Envelope Using Novel Methods in Flow Virometry
Notice bibliographique
Résumé
The human immunodeficiency virus (HIV) presents a global public health challenge, with estimates of 38 million people worldwide living with HIV in 2021. While highly effective HIV treatments have been developed to prolong the lives of people living with HIV, continued research on cure and vaccine strategies remain critical. The viral envelope glycoprotein (Env) is the sole viral protein present on the surface of virions and is the primary target of vaccine designs. However, human proteins are also abundantly present on the HIV surface and can impact viral phenotypes including homing and infectivity. Thus, developing experimental tools to characterize proteins on the surface of HIV may help identify new antiviral targets or improve vaccine designs. Despite the importance of characterizing viral surface proteins, current techniques available for this purpose do not support high throughput analysis of individual virions, typically only offering semi-quantitative assessments of virus-associated proteins. To address this gap, we adapted flow cytometry, a technique traditionally used for rapid, high sensitivity characterization of single cells, for use on individual virus particles. Using a flow cytometer with nanoscale detection sensitivity, we applied flow cytometry to viruses, termed ‘flow virometry’ (FV), by developing quantitative protocols to stain cellular and viral glycoproteins on the surface of viruses directly in cell culture supernatants. Using FV and complementary techniques, we demonstrated that the virion-incorporated protein PSGL-1 remains functionally active and can facilitate HIV infection through a mechanism of viral capture and transfer to permissive cells, expanding known roles for this restriction factor. Next, we used FV methodology to discover a panel of novel human proteins present on the HIV surface, among which we found CD38 to be the most intriguing. Finally, we used FV as a new tool to study changes in HIV Env conformations, highlighting the use of FV for vaccine and antiviral studies. Taken together, this thesis demonstrates new advances in calibrated FV as a tool to provide sensitive, high throughput characterization of HIV envelope proteins in a quantitative manner. It also showcases the versatility of FV for protein screening, discovery, and for evaluating subtle changes in protein conformation on single virions.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».