Utilization of Antibody-Based Approaches for the Detection of SARS-CoV-2 and the Elucidation of Tyrosine Sulfation
Notice bibliographique
Résumé
Adaptive immunity, characterized by diversity, specificity, and memory, exists in multicellular life forms. Alternative immune systems of different ancestral lineages, consequential of divergent and convergent evolution, are composed of distinct antigen recognition units but function with the same goal – to eliminate foreign invaders.Antigen-experienced B-lineage cells, memory B cells and plasma cells, are vital to long-lasting humoral immunity, and antibodies represent the major source of neutralizing agents against pathogens. The technological advancement of mankind has allowed the exploitation of antibodies as detection reagents in ex vivo systems for omics studies. Despite the centralism of antibody technology on mammalian, immunoglobulin-based antibodies, non-immunoglobulin alternatives such as the variable lymphocyte receptor B (VLRB) antibodies of jawless vertebrates have been employed in hopes of overcoming some of the structural and tolerogenic constraints faced by conventional antibodies. During the COVID-19 pandemic, we harnessed the VLRB antibody platform of the evolutionarily distant sea lamprey to develop diagnostic reagents for the novel causative coronavirus SARS-CoV-2. We isolated and characterzed VLRB B7, B33, and B39, which recognized the surface Spike (S)-protein of SARS-CoV-2, two of which exhibited neutralization potency. The adaptation of VLRB B39 tetramers formed the basis of a rapid, single-step SARS-CoV-2 detection assay. Previously, we utilized the VLRB antibody system to search for human memory B cell-specific biomarkers. Unexpectedly, we isolated the peculiar VLRB N8 that recognized human memory B cells and plasma cells in a manner correlating to HLA-I tyrosine sulfation. We then sought to determine the biological significance and to expand our understanding of tyrosine sulfation by examining the driving factors and lineage-specific profiles of tyrosine sulfation of membrane-bound proteins. Using a pan-sulfotyrosine antibody, we designed efficient, non-radioactive detection systems. We established lineage-specific expression patterns of cell-surface tyrosine sulfation among human immune cell populations. We then demonstrated the inducibility of cell-surface and HLA-I tyrosine sulfation under in vitro stimulatory conditions. We also identified a sulfotyrosine located on the HLA-I peptide-binding cleft and examined the biological relevance in terms of peptide binding, HLA-I expression, and HLA-I turnover. The results provided evidence for lineage-specific, activation-driven immune regulatory mechanisms for this understudied protein post-translational modification.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».