A multi-ethnic genome-wide association study identifies novel loci for non-syndromic cleft lip with or without cleft palate on 2p24.2, 17q23 and 19q13
Notice bibliographique
Résumé
Orofacial clefts (OFCs), which include non-syndromic cleft lip with or without cleft palate (CL/P), are among the most common birth defects in humans, affecting approximately 1 in 700 newborns.CL/P is phenotypically heterogeneous and has a complex etiology caused by genetic and environmental factors.Previous genome-wide association studies (GWASs) have identified at least 15 risk loci for CL/P.As these loci do not account for all of the genetic variance of CL/P, we hypothesized the existence of additional risk loci.We conducted a multiethnic GWAS in 6480 participants (823 unrelated cases, 1700 unrelated controls and 1319 case-parent trios) with European, Asian, African and Central and South American ancestry.Our GWAS revealed novel associations on 2p24 near FAM49A, a gene of unknown function (P ¼ 4.22 Â 10 À8 ), and 19q13 near RHPN2, a gene involved in organizing the actin cytoskeleton (P ¼ 4.17 Â 10 À8 ).Other regions reaching genome-wide significance were 1p36 (PAX7), 1p22 (ARHGAP29), 1q32 (IRF6), 8q24 and 17p13 (NTN1), all reported in previous GWASs.Stratification by ancestry group revealed a novel association with a region on 17q23 (P ¼ 2.92 Â 10 À8 ) among individuals with European ancestry.This region included several promising candidates including TANC2, an oncogene required for development, and DCAF7, a scaffolding protein required for craniofacial development.In the Central and South American ancestry group, significant associations with loci previously identified in Asian or European ancestry groups reflected their admixed ancestry.In summary, we have identified novel CL/P risk loci and suggest new genes involved in craniofacial development, confirming the highly heterogeneous etiology of OFCs.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,005 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».