Molecular identification of Alpinia species native to the Nansei Islands
Notice bibliographique
Résumé
Alpinia zerumbet and its related taxa (Zingiberaceae), such as Alpinia formosana, Alpinia intermedia, Alpinia uraiensis, and Alpinia sp., are native to the subtropical and tropical regions in East Asia, including the Nansei Islands. Owing to their morphological similarities, it is difficult to distinguish A. zerumbet from the related taxa. Therefore, a reliable DNA characterization method is required for the breeding and utilization of A. zerumbet and related taxa. Herein, several analytical methodologies have been proposed for the identification of Alpinia species. We showed that a set of random amplified polymorphic DNA (RAPD) markers, high-resolution melting (HRM) analysis, and genotyping by random amplicon sequencing-direct (GRAS-Di) are important tools for understanding the genetic diversity and variation of the Alpinia species growing in the Nansei Islands. The RAPD markers effectively distinguished A. zerumbet from the related taxa. Furthermore, the HRM analysis of nuclear ribosomal DNA internal transcribed spacer 1 revealed clear differences between the species. The phylogenetic analysis using GRAS-Di revealed that each Alpinia species formed independent species-specific subclusters on the phylogenetic tree. Using the molecular markers presented in this study, A. zerumbet and related taxa can be easily and accurately distinguished from each other without morphological characterisation.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».