De l'immunologie à l'optimisation des prises en charge dans les Maladies Inflammatoires Chroniques de l'Intestin réfractaires
Notice bibliographique
Résumé
Ce travail de thèse s’inscrit dans le champ des maladies inflammatoires chroniques de l’intestin (MICI) réfractaires. Elle combine des apports originaux sur l’immunité innée dans les MICI et des données issues de la recherche clinique. La première partie de ce travail a eu pour objectif d’apporter des connaissances nouvelles sur l’immunité innée dans les MICI réfractaires et concerne une étude expérimentale réalisée dans les ganglions lymphatiques mésentériques. Cette étude, conduite sous la co-direction du Dr Chapuy (Montréal) a utilisé la technologie CITE-seq (Cellular Indexing of Transcriptomes and Epitopes by Sequencing). Elle a permis de caractériser les populations de cellules immunitaires innées dans les ganglions mésentériques de patients atteints de MICI : phagocytes mononuclées (MNP), cellules NK et cellules lymphoïdes innées (ILC). Les échantillons ont été fournis parle laboratoire du Dr Marika Sarfati du CR-CHUM (Montréal). Les analyses ont été réalisées avec l’appui de la plateforme de bio-informatique de l’Hôpital Sainte-Justine (Montréal). Les résultats finaux ont conduit à une publication dans Inflammatory Bowel Diseases. Cette étude met en évidence des spécificités transcriptionnelles des cellules innées dans les ganglions mésentériques des patients atteints de MICI réfractaires. Elle contribue à mieux comprendre leur rôle dans la physiopathologie intestinale. La seconde partie de ma thèse illustre les enjeux cliniques de ma recherche. Un premier article a étudié l’évolution en parallèle de la destruction intestinale par l’étude du score de Lémann, et du handicap fonctionnel par l’Inflammatory Bowel Disease-Disability Index (IBD-DI), chez des patients atteints de maladie de Crohn. Ce travail a été publié en 2025. Un second article a porté sur l’efficacité de l’intensification de la dose du vedolizumab sous-cutané chez des patients atteints de MICI présentant une non-réponse ou une perte de réponse à la dose standard. Il s’agit d’une étude multicentrique du GETAID (OPTI-VEDO), acceptée récemment dans Journal of Crohn’s and Colitis. Ce travail de thèse illustre l’importance d’une approche multiple pour appréhender la complexité des MICI grâce à la complémentarité du décryptage des mécanismes cellulaires immunitaires, une meilleure description de leur évolution clinique et une optimisation de leur prise en charge thérapeutique.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,004 | 0,004 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,005 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,004 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,013 | 0,004 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».