Small but significant genetic differentiation among populations of Phyllachora maydis in the midwestern United States revealed by microsatellite (SSR) markers
Notice bibliographique
Résumé
Phyllachora maydis Maubl, the causal pathogen of tar spot of corn (Zea mays L.), has emerged recently in the United States and Canada. Studies related to its genetic diversity and population structure are limited and are necessary to improve our understanding of this pathogen’s biology, ecology, epidemiology, and evolutionary potential within this region. This study developed and used 13 microsatellites (SSR markers) to assess the genetic population structure, diversity, gene flow and reproductive mode of 181 P. maydis samples across five states in the Midwest U.S. The polymorphic information content (PIC) of loci ranged from 0.32 to 0.72 per locus, indicating their high utility for assessing the dynamics of P. maydis populations. Analysis of molecular variance (AMOVA) detected a significantly low, but statistically significant genetic differentiation (FST = 0.15) among populations, where 85% of the variance resided within populations. P. maydis populations were highly diverse (He = 0.55), with moderate gene flow (Nm = 2.80), and showed evidence of sexual recombination (r̄d; p = > 0.001). Structure analysis showed the samples were not geographically structured but rather grouped into two genetic clusters (k =2) of severe genetic admixture suggesting possible long-distance dispersal of aerial spores or infected corn materials among the five Midwest states. Both principal coordinate analysis (PCoA) and discriminate analysis of principal component (DAPC) supported the STRUCTURE analysis of the two clusters. These 13 highly polymorphic molecular markers could be used for future investigations of this pathogen’s population dynamics within the U.S., and possibly populations outside.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».