Sensitivity and specificity of spoligotyping and MIRU-VNTR typing in tuberculosis molecular epidemiology
Notice bibliographique
Résumé
The standard genotyping technique in tuberculosis molecular epidemiology is IS6110 Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP). Several public health organizations intend to switch from IS6110 RFLP to spoligotyping and Mycobacterium Interspersed Repetitive Units - Variable Number Tandem Repeats (MIRU-VNTR); however, the relevant test characteristics have not been studied. Objective. Estimate the sensitivities and specificities of spoligotyping and MIRU-VNTR using IS6110 RFLP as the reference standard. Population. Residents of the island of Montreal diagnosed with active tuberculosis between 1996-1998, who were culture positive for Mycobacterium tuberculosis and had ≥6 copies of IS6110 upon RFLP. Outcomes. Sensitivity, specificity, percent transmission. Estimated sensitivities. spoligotyping 83% (95% CI 63%-95%), MIRU-VNTR 52% (31%-72%), MIRU-VNTR and spoligotyping used in combination (clustered = both identical) 50% (29%-71%). Estimated specificities. spoligotyping 40% (35%-46%), MIRU-VNTR 56% (51%-62%), combination 70% (65%-76%). Percent transmission increased from 4% (IS6110 identical RFLP) to 23% (combination), 33% (MIRU-VNTR), and 53% (spoligotyping). There was evidence of misclassification. The poor test characteristics of spoligotyping and MIRU-VNTR typing suggest that these methods are not suitable for population-based molecular epidemiology studies.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,018 | 0,050 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».