Development of genomic methodologies for pathogen surveillance. Microfluidics-automated workflow: From sample to sequencing library.
Notice bibliographique
Résumé
Le séquençage est un outil fondamental pour la surveillance des épidémies de virus, comme la récente pandémie de COVID-19, dans laquelle le séquençage a été mis en oeuvre pour l'identification initiale du virus SARS-CoV-2, pour établir les variantes à suivre et pour suivre les voies de transmission tout au long des différentes vagues. Les plateformes de séquençage continuent de se démocratiser grâce à la mise au point d'appareils de séquençage portables et plus économiques. Cependant, la préparation des librairies reste un défi pour la mise en oeuvre du séquençage dans des endroits éloignés, car l'ensemble du processus, de l'échantillon à la librairie de séquençage, implique un grand nombre d'étapes qui doivent être effectuées par un personnel qualifié dans un laboratoire spécialisé. Pour faire face à ce problème, notre laboratoire a collaboré avec le Conseil National de Recherches Canada (CNRC-NRC) pour développer un flux de travail automatisé pour la préparation de librairies Nanopore à partir d'échantillons cliniques du SARS-CoV-2, en utilisant le dispositif microfluidique automatisé développé par le CNRC, le PowerBlade. La combinaison de ce dispositif automatisé et portable avec des technologies de séquençage portables, telles que celles développées par Nanopore, nous donne un flux de travail qui peut être facilement exécuté presque partout, sans avoir besoin d'un technicien hautement expérimenté en raison de l'automatisation du flux de travail. De plus, cette technologie adaptable pourrait être modifiée et utilisée pour l'identification d'autres agents pathogènes.Dans ce travail, nous présentons un nouveau protocole de préparation de librairies Nanopore adapté à la mise en oeuvre sur puce sur le PowerBlade, qui a été testé par rapport au protocole ONT standard, à la fois sur puce et hors puce. En outre, nous présentons une comparaison des performances de la PCR ARTIC SARS-CoV-2 sur puce et hors puce
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».