Associations between genetic markers and mastitis resistance in Canadian Holsteins
Notice bibliographique
Résumé
The objective of this thesis was to test for associations between genetic polymorphisms of genes related to immune response (growth hormone (GH), growth hormone receptor (GHR), ornithine decarboxylase (ODC), insuline-like growth factor-1 (IGF-1), adrenocorticotropin hormone (ACTH), corticotrophin releasing hormone (CRH), and prolactin (PRL)) and mastitis resistance traits (incidence of clinical mastitis (ICM), occurrence of clinical mastitis (OCM), culling due to mastitis (CDM), and somatic cell scores (SCS)) in Canadian Holsteins. Using lactation records of cows enrolled in milking recording in Quebec (Programme d'Analyse des Troupeaux Laitiers du Quebec, PATLQ from 1980 to 1994 (411,291 first, 238,432 second, and 130,983 third lactations, respectively) Estimated Transmitting Abilities of traits were generated with a model that included the random effect of sire, and fixed effects of herd-year-season-of calving, age at calving, and genetic group. 721 bulls which had daughters in the phenotypic data sets were genotyped for twenty polymorphisms of the above genes located on autosomes (BTA) 5, 11, 14, 19, 20, and 23. Two types of analysis of associations were performed: analysis across-population with a model that included the fixed effect of marker and random effect of the son of grandsire, and within-family analysis with a model that included the fixed effects of the grandsire, marker nested within grandsire, and the random effect of son nested within marker and grandsire. Permutation tests were performed to reduce Type I error probability. Significant associations were found within families for markers of IGF-1 (BTA5), ODC (BTA11), GH (BTA 19), GHR (BTA 20), and PRL (BTA 23) for ICM, OCM, CDM, and SCS in different lactations. Some of these putative quantitative trait loci (QTL) are located on BTA where other authors have reported QTL affecting SCS and udder conformation. The results from this study may contribute to efforts to dissect the genetic basis of mastitis resistance in dairy cattle.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».