Cytotoxic and transcriptomic effects of the rainbow trout gill (RTgill-W1) cell line exposed to environmentally relevant pesticides
Notice bibliographique
Résumé
Chaque année, des centaines de nouveaux pesticides sont introduits dans le monde, avec le potentiel d’avoir un impact négatif sur les organismes non ciblés comme la faune aquatique. Cependant, les préoccupations éthiques concernant l’utilisation d’animaux et les resources, l’argent et le temps nécessaires pour effectuer les méthodes traditionnelles pour évaluer la toxicité de ces produits chimiques, ont appelé à un changement de paradigme des méthodes de test in vivo à base d’animaux vers des tests basés sur des mécanismes in vitro impliquant des lignes cellulaires. La validation et normalisation de l’essai n249 de l’Organisation de coopération et de développement économiques (OCDE) impliquant la ligne cellulaire de la truite arc-en-ciel (RTgill-W1) pour caractériser la cytotoxicité ont ouvert la voie à ce que les modèles in vitro peuvent réaliser d’un point de vue réglementaire. Les objectifs primordiaux de cette recherche de thèse étaient 1) d'approfondir nos connaissances sur l'applicabilité de ce test pour des produits chimiques (dans ce cas, des pesticides) qui n'avaient pas été étudiés auparavant et 2) de déterminer si le test peut être utilisé pour dériver des valeurs de points de départ transcriptomiques (tPODs), qui représentent des doses de référence (BMD) auxquelles aucun effet indésirable n'est observé au niveau moléculaire.Dans cette thèse, 19 pesticides avec divers mécanismes d'action toxique et des propriétés physiochimiques ont été sélectionnés en fonction de leur pertinence et de leur importance pour les écosystèmes canadiens. Dans chapitre 2, ces 19 pesticides ont été exposés aux cellules RTgill-W1 afin de caractériser la réponse cytotoxique. L'essai n° 249 de l'OCDE a pu être réalisé dans une plaque à 96 puits avec un ensemencement de 35 000 cellules/puits sans compromettre les critères de contrôle de la qualité décrits dans la directive ou les résultats de la cytotoxicité. L'exposition aux pesticides a provoqué une diminution de la viabilité cellulaire mais compte tenu de la nature spécifique des pesticides, certains mécanismes d'action toxique n'ont pas pu être déclenchés dans les cellules RTgill-W1 et aucune réponse n'a été observée. Parmi les pesticides cytotoxiques, les résultats variaient d’un à quatre ordres de grandeur supérieurs que les données de létalité in vivo extraites des études sur la truite arc-en-ciel. Le chapitre 3 a examiné les changements transcriptomiques dans les cellules RTgill-W1 après exposition à six des pesticides les plus cytotoxiques sur la base des résultats du chapitre 2 en utilisant la technologie de séquençage de l'ARN. L'exposition aux pesticides pourrait induire des changements transcriptomiques (moléculaires) dans les cellules RTgill-W1. Les valeurs tPOD ont pu être dérivées des données transcriptomiques, qui ont fourni des valeurs plus protectrices que les données in vitro et qui pourraient être utilisées pour hiérarchiser les pesticides préoccupants. L'analyse de la dose de référence au niveau de la voie a également fourni des informations supplémentaires sur le mécanisme d'action de chaque produit chimique. Cette thèse a permis de mieux comprendre les promesses du couplage de l'essai RTgill-W1 avec des techniques transcriptomiques pour caractériser les effets indésirables d'un produit chimique. En outre, ce travail a permis de mieux comprendre le mécanisme moléculaire de la toxicité de pesticides qui n'avaient pas été caractérisés auparavant
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».