Notice bibliographique
Résumé
We conducted a molecular epidemiologic study of tuberculosis (TB) transmission during the years 1996--98 on the Island of Montreal. By combining public health data on the 528 reported cases with IS6110 DNA fingerprints for 430, we detected an overall low frequency of transmission manifesting as secondary cases of active disease. We also identified an important sub-group of TB patients who harbour isolates with matching patterns. Depending on the matching criterion used we attributed between 6% (95% CI: 4, 9%) and 22% (95% CI: 18, 27%) of TB cases to recent transmission; the vast majority of active TB disease reflects infection acquired at an earlier time and/or a different place. However, Haitian-born TB patients yielded a disproportionately high frequency of isolates belonging to matching "clusters" (21%; 95% CI: 13, 32%), while, other foreign-born patients have disproportionately low numbers of clustered isolates (5%; 95% CI: 3, 9%). The classical interpretation of such results is that there is more ongoing transmission within this immigrant sub-group. We explored an alternative hypothesis: that M. tuberculosis isolates from Haitian-born patients demonstrate reduced genetic diversity reflecting TB transmission patterns in their previously isolated country of origin---hence that a bacterial founder effect accounts for the higher frequency of matching fingerprints. Using a recently introduced measure of fingerprint similarity, genetic distance, we assessed the extent of pattern diversity. The median nearest genetic distance (NGD) was 130 months (inter-quartile range (IQR): 98--201 months) among the 47 distinct isolates from Haitian-born patients; among the non-Haitian foreign-born, the median NGD for the 191 distinct isolates was 128 months (IQR: 103--170 months). Hence the overall genetic heterogeneity of M. tuberculosis organisms among Haitian-born Montrealers was as great as that among a group of patients born in 70 other countries. Local transmission among the Haitian-born remains the most likely scenario. We demonstrated that a continuous measure, such as genetic distance, may also permit researchers to address a challenge to the interpretation of M. tuberculosis molecular typing results: how to determine whether highly similar, non-identical fingerprint patterns in fact reflect underlying "matches." The distribution of NGD for isolates initially classified as identical (10--27 months), similar (15--108 months) and unique (40--244 months) suggested a possible cut-point of 40 months. Use of this cut-point labelled 19% of isolates as "clustered", suggesting that 14% of Montreal TB cases reflected transmission during the study period.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».