An examination of the genetic diversity of the major histocompatibility complex in commercial and domestic chicken breeds

Le complexe majeur d'histocompatibilité (CMH) est un groupe de gènes très polymorphes et étroitement liés, présents dans le génome de tous les vertébrés à mâchoires. Les gènes de cette région sont impliqués dans la fonction immunitaire et ont une influence sur la transplantation, les maladies auto-immunes et la résistance aux maladies chez différentes espèces. Chez les poulets, le CMH est relativement petit et compact, le noyau étant appelé « CMH minimal essentiel ». Les haplotypes de la région du CMH-B ont été associés à la résistance et à la sensibilité à de nombreuses maladies importantes, qui ont des répercussions majeures sur la santé des volailles. La compréhension de la variation présente dans cette région peut s'avérer précieuse pour approfondir les recherches sur la relation entre les haplotypes et la résistance aux maladies, ainsi que pour mieux comprendre la fonction immunitaire du poulet. La première partie de cette étude a utilisé un panel de SNP pour évaluer la diversité du CMH-B chez les poulets Chantecler. Cette race est originaire du Québec, au Canada, et se distingue par sa forte résistance aux au froid extrême. Bien qu'elle ait été victime d'une quasi-extinction, ce qui a entraîné une diminution de la taille des populations, une diversité considérable du CMH a été observée dans les quatre populations testées. Au total, 8 haplotypes SNP ont été observés, dont 2 sont propres à la race Chantecler. Cette étude a montré que, comme d'autres races de poulets, la race Chantecler est capable de générer et de maintenir la diversité. La découverte d'haplotypes uniques contribue à accroître les connaissances sur la variabilité de CMH-B région chez le poulet. Elle attire également l'attention sur une race de poulet unique, montrant que le Chantecler est un bon candidat pour des études génétiques plus approfondies, en ce qui concerne le CMH, ainsi que d'autres régions génomiques.La deuxième partie de cette étude visait à comparer la diversité de la région du CMH du Red Junglefowl sauvage, la race ancestrale du poulet moderne, avec des races de poulets domestiques et commerciales. En utilisant les données de la séquence du génome entier et le pipeline des meilleures pratiques GATK, la diversité totale du chromosome 16, la région CMH-B et le noyau ont été évalués. Il a été constaté que le Red Junglefowl présentait le niveau de diversité le plus élevé, et que la lignée blanche de ponte présentait le niveau le plus bas. Il a été constaté que la région centrale, qui contient les gènes de classe I et II, était plus diversifiée que l'ensemble de la région du CMH-B, avec une moyenne de 25 SNP par kB contre 18 SNP par kB. Dans la région codante de ces gènes, plus de 50 % des SNP avaient un impact modéré ou élevé, ce qui indique qu'une grande partie du polymorphisme présent dans la région a une influence sur les gènes. Parmi ces gènes, les gènes BF de classe I étaient les plus diversifiés. Dans ces gènes, plus de 50 % des SNP étaient situés dans les exons 2 et 3, 80 % d'entre eux ayant un impact modéré à élevé. Ces exons codent pour la poche de liaison peptidique des molécules du CMH, qui a été associée à la résistance aux maladies. Les niveaux élevés de diversité observés serviront de base à une exploration plus approfondie de l'association entre la variation du CMH et la fonction immunitaire

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