Genetic variation in founder populations: Contrasting patterns on the X chromosome and autosomes
Notice bibliographique
Résumé
Le rôle de la variation du chromosome X en tant que déterminant de la santé humaine est largement sous-étudié, malgré son rôle dans de nombreuses maladies. Bien qu'ils fassent partie de chaque génome humain, les chromosomes sexuels sont souvent exclus des analyses d'association à l'échelle du génome et sous-représentés dans la recherche. Les populations canadiennes-française du Québec offrent une excellente opportunité d'étude, étant donné une compréhension presque inégalée de l'histoire démographique de la population et de son fort déséquilibre historique du sexe-ratio, ainsi que la disponibilité d'échantillons contemporains. Historiquement, la population des colons de Nouvelle-France avait un fort biais sexuel, plus de 2/3 des colons étant des hommes. Une grande partie des Canadiens français modernes descendent de cette population initiale, ce qui signifie que les effets de ce goulot d'étranglement initial, et en particulier de ce biais sexuel, sont encore potentiellement observables de nos jours. En utilisant le séquençage du génome entier récemment disponible dans la biobanque CARTaGENE, nous avons étudié à la fois la présence de variants précédemment décrits ayant un impact clinique dans les chromosomes X de nos échantillons, et les façons dont les modèles contrastés de variation sur le chromosome X et les autosomes peuvent indiquer la signature de ce biais historique lié au sexe. Bien que l'on sache que plusieurs variants génétiques et conditions liées au chromosome X sont élevés dans la population canadienne-française moderne, nous ne trouvons dans notre ensemble de données aucun des variants associés à ces conditions qui ont été signalées antérieurement. Nous notons plusieurs variants liés au déficit en G6PD, qui n'ont pas été associés auparavant aux populations québécoises, et qui sont présentes à des fréquences élevées par rapport à la population de référence de l'ENF de gnomAD. Ce travail est compliqué par la surreprésentation d'enregistrements mal décrits de variants du chromosome X dans les bases de données cliniques.Nous avons également effectué des comparaisons entre l'X et les autosomes dans les multiples populations de notre ensemble de données, sur la base des métriques de différenciation génétique FST. Nous avons observé des niveaux de différenciation génétique entre les populations qui sont largement similaires, et nous n'avons pas trouvé de preuve d'un goulot d'étranglement historique lié au sexe dans notre échantillon canadien français, ce qui est contraire à nos attentes et justifie des recherches plus approfondies.Nos travaux mettent en évidence le rôle que peuvent jouer les biobanques de population dans l'étude de l'histoire et de la santé actuelle d'une population, ainsi que l'utilité de les constituer pour des populations un héritage génétique unique. Les orientations futures comprennent une étude plus approfondie du goulot d'étranglement historique des Canadiens français en fonction du sexe et une étude visant à déterminer s'il serait justifié de mettre en place un programme de dépistage du déficit en G6PD au Québec
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».