Microbial diversity, activity, and ecology of a hypersaline high Arctic spring system
Notice bibliographique
Résumé
The Lost Hammer (LH) spring, located on Axel Heiberg Island in the Canadian High Arctic, is the coldest and saltiest terrestrial spring discovered to date. It is characterized by perennial discharges of subzero temperatures (-5°C), hypersalinity (24% salinity), along with reducing (≈-165 mV), microoxic, and oligotrophic conditions. It is rich in sulfates (10.0% w/w), dissolved H2S/sulfides (up to 25 ppm), ammonia (≈381 μM), and methane (11.1 g d-1). The LH spring system contains the outlet and the outflow channel. In the initial study of the LH channel sediment, the results determined the microbial abundance by using fluorescent microscopy in the channel sediment; also, the study characterized the cultured representatives and confirmed that most of these isolates are halotolerant and psychrotolerant microorganisms. The mineralization assays on the LH channel sediment revealed that the heterotrophic microorganisms remained activity down to -20°C. To determine the total microbial communities inhabiting the LH spring system, the study demonstrated the microbial 16S rRNA genes and the active 16S rDNA profiles for different sampling locations, including the outlet, channel and the adjacent tundra. We identified that the Bacteria from the five phyla (Bacteroidetes, Proteobacteria, Actinobacteria, Firmicutes, and Cyanobacteria) were the dominant bacterial groups at the LH spring system. In the archaeal communities, microorganisms affiliated with three phyla (Euryarchaeota, Crenarchaeota, and Thaumarchaeota) were identified. To determine its total functional and genetic potential, we performed metagenomic analysis of the LH spring outlet microbial community. Reconstruction of the enzyme pathways responsible for bacterial nitrification/denitrification/ammonification and sulfate reduction appeared nearly complete in the metagenomic dataset. Stress-response genes for adapting to cold, osmotic stress, and oxidative stress were also abundant in the metagenome. Comparing functional community composition of the LH spring to metagenomes from other saline/subzero environments revealed a close association between LH and another Canadian High Arctic permafrost environment, particularly in genes related to sulfur metabolism and dormancy. To identify the abundance and the presence of the featured genes (amoA and hcd) of Thaumarchaea at the LH spring system, we performed qPCR to assess their abundance. A phylogenetic analysis was performed using the putative amino acid sequences of these genes to identify their phylogenetic affiliation. The copy numbers of Thaumarchaeal amoA and hcd genes in LH channel sediment and the adjacent tundra were roughly 10 to a hundred-folds less than those reported in other environments. The phylogenetic tree of amoA showed similar patterns of grouping as the analysis done by 16S rRNA. This thesis demonstrates the microbial ecology, diversity and activity at the LH spring system and provides knowledge for the microbiology studies on cryo- and hypersaline environments.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
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Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».