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Enregistrement W7162002837 · doi:10.82308/37625

Gene expression profile in human prostate cancer cell lines

2000· dissertation· en· W7162002837 sur OpenAlexaboutno aff
Nathalie. Trudel

Notice bibliographique

Revuenon disponible
Typedissertation
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGene expression and cancer classification
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésChromoplexyProstate cancerGeneComplementary DNAGene expressionCell cultureCancerPhenotypeDifferential display

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Since the beginning of this work in 1998, it is estimated that 1780 men died of prostate cancer in Quebec. Molecular analysis of prostate cancer will eventually lead to the discovery of key genes involved in its onset and progression. The present project was to compare gene expression profiles in human non-tumorigenic versus tumorigenic prostate cell lines generated in our laboratory. A putative tumor suppressor gene present on 12q13 would be responsible for the non-tumorigenic phenotype of one cell line as discovered earlier by our team. In order to compare gene expression patterns, expression arrays from Clontech, bearing 588 genes known to be involved in human cancers, were hybridized with cDNA derived from two related cell lines available in our laboratory. This one experiment provided interesting hints on differentially expressed genes that could be involved in human prostate cancer. Interesting clones were confirmed by Northern blots. When commercial antibody was available, analysis was extended at the protein level. A combination of these analyses revealed no striking difference in the level of expression for the genes previously identified by the arrays hybridization. Simultaneously, differential display PCR techniques, allowing the discovery of unknown differentially expressed molecules and thus complementing the previous approach, were applied to compare related cell lines and unique hybrids. Cloning and sequencing of differential fragments brought us to what could be a new cDNA expressed in many human cell lines. Prostate cancer is not well characterized enough to allow accurate diagnosis or appropriate therapy strategies. Differentially expressed molecules analyzed in this project as well as the putative new cDNA might fulfil part of this lack in the understanding of this disease.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,004
Score d'incertitude au seuil0,007

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,010
Tête enseignante GPT0,291
Écart entre enseignants0,282 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2000
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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