The use of regional phylogenies in exploring the structure of plant assemblages
Notice bibliographique
Résumé
Unravelling the complexities of biological communities has long interested community ecologists. Molecular, computational and conceptual advances in the last fifteen years have led to the increasing incorporation of phylogenetic information into ecological analyses, creating a new field of 'community phylogenetics'. Although the field of community phylogenetics has improved our understanding of the processes determining community composition, more recently the field has been challenged because of its reliance on several critical assumptions. In this thesis, I address some of these critiques by exploring novel empirical and analytical approaches. In Chapter 2, I describe the major challenges to sampling a comprehensive species pool, essential for generating regional phylogenies and testing community assembly mechanisms. I use a case study based on my work at Mont St. Hilaire, Québec to illustrate these challenges, and I make several recommendations for sampling that can be used by other researchers pursuing similar efforts in the future. I switch focus from regional species pools to plant communities in Chapters 3 and 4, where I combine co-occurrence and phylogenetic data on sedges (i.e. plants of the Cyperaceae family) near Schefferville, Québec to address assumptions related to species coexistence. I use an individual-based focal sampling approach in Chapter 3 to show that the phylogenetic neighbourhood of a plant varies with the clade membership of the species, addressing the critique that it is individuals of a species and not communities that are 'filtered' by environment. I explore the assumption that competitive exclusion is most probable between closely related species in Chapter 4 by examining whether specialists are better competitors than generalists. My results suggest that niche width differences translate into differences in competitive abilities and that co-occurrence is more likely between distantly related species with differing niche widths, adding further insights into the relationship between phylogenetic relatedness and competitive abilities. Finally, in Chapter 5 I evaluate the effectiveness of phylogenetic beta diversity methods for delineating ecological boundaries. Previous work has focused on regional and global scales, whereas similar methods might not be as effective at differentiating local scale patches. As I demonstrate in this thesis, the field of community phylogenetics will remain relevant for unravelling the complexities of biological communities by using novel approaches.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,009 | 0,024 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,006 | 0,007 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,002 |
| Communication savante | 0,003 | 0,003 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,003 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».