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Enregistrement W7162026442 · doi:10.82308/3903

Predicting transmission of tuberculosis from patient attributes

2012· dissertation· en· W7162026442 sur OpenAlexaboutno aff
Hiroshi Mamiya

Notice bibliographique

Revuenon disponible
Typedissertation
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueTuberculosis Research and Epidemiology
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésMedical screeningHuman immunodeficiency virus (HIV)Transmission (telecommunications)Lung diseaseDisease transmission

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Contexte : Un cas de tuberculose nouvellement diagnostiqué peut être classifié en tant que 1) cas source menant à la transmission à d'autres cas actifs, secondaires; 2) cas secondaire, résultant d'une récente transmission; ou 3) cas isolé, non impliqué dans une récente transmission (c.-à.-d. ni source ni destinataire). Objectif : Afin de faciliter la gestion de la transmission de la tuberculose, un modèle basé sur une régression logistique multinomiale a été développé pour estimer la probabilité qu'un nouveau cas appartienne à l'une des trois classes, en fonction de sescaractéristiques cliniques et socio-démographiques tels que l'âge, la condition HIV et les résultats d'une radiographie pulmonaire. Méthodes : Les caractéristiques des cas de tuberculose rapportés sur l'Ile de Montréal entre 1996 et 2007 ont été utilisées pour l'ajustement du modèle, après avoir subi une imputation multiple. L'analyse des empreintes génétiques a été utilisée en tantque norme de référence pour définir la variable dépendante du modèle. La sélection de variables a été effectuée à l'aide de la technique BMA (Bayesian Model Averaging), et 10 validations croisées (10-fold) ont été exécutées sur chacun des jeux de données imputés afin de mesurer la performance prédictive du modèle, correspondant à l'AUC (Area Under the Receiver Operating Curve). Résultats : Un total de 1552 cas admissibles, comprenant 107 (6.9%) cas sources, 207 (13.4%) cas secondaires, et 1238 (79.8%) cas isolés ont été utilisés pour la création du modèle. L'AUC du modéle, donc sa capacité à distinguer les cas sources, secondaires et isolés est de 0.59 (95% IC: 0.54, 0.65), 0.64 (95% IC: 0.62, 0.67), and 0.65 (95%IC: 0.63, 0.67), respectivement. Conclusion: La performance du modèle est significativement supérieure à celle d'une prédiction aléatoire. Une étude plus approfondie serait nécessaire afin d'évaluer sa capacité à améliorer la gestion de la tuberculose dans un contexte pratique.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,004
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,020
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,023
Score d'incertitude au seuil0,046

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0040,020
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0010,000
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,028
Tête enseignante GPT0,321
Écart entre enseignants0,293 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2012
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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